Paberžės šv. Stanislavo Kostkos vidurinės mokyklos įkūrimo istorija siekia tuos laikus, kai mokyklos buvo privačios arba steigiamos prie bažnyčių. Jos minimos XVIII a. II-oje pusėje. Pati mokykla minima XX a. pradžioje, kai buvo pastatytas naujas mūrinis raudonų plytų pastatas. Lėšas ir žemę šiai mokyklai skyrė Zagurskų šeima ir žydas Heim Hendler. Iki I-ojo pasaulinio karo mokymas vyko rusų kalba. Tarpukario metu mokykloje buvo 7 klasės, kuriose mokėsi nuo 200 iki 250 mokinių. Tuo metu mokyklai buvo suteiktas šv. Stanislavo Kostkos vardas.
Mokyklai vadovavo direktorius Kazimieras Mušalskis, mokytojavo Liudmila ir Juzefas Konečnai, Ana Kurlanuvna, Zofija Kačanovska ir kiti; iš viso dirbo 9 mokytojai. Mokyklai priklausė trys pastatai. Pagrindinis pastatas – mūrinis, jame šiuo metu yra atidarytos dirbtuvės. Prie jo šliejosi medinis pastatas, kuris 1944 m. sudegė. Po karo mokykla buvo pradinė, po to septynmetė, o nuo 1952 m. – vidurinė. Iš pradžių mokymas vyko rusų kalba.
Pirmoji Paberžės vidurinės mokyklos laida, baigusi ją rusų kalba, išleista 1955 m., o laida, baigusi lenkų kalba – 1973 m. Taip pat buvo 8 klasės, kuriose mokymas vyko lietuvių kalba. Po karo pradinė mokykla užėmė vieną mūrinį pastatą. Kadangi augo mokinių skaičius, reikėjo plėsti ir pačią mokyklą. 1957 m. buvo pastatytas medinis pastatas, kuriame tilpo trys klasės, o 1964 m. buvo pastatytas naujas mūrinis baltų plytų pastatas, kuriame tilpo 5 klasės. 1965 m. pastatytas pastatas, kuriame įsikūrė dvi klasės ir biblioteka. Tačiau to buvo per maža, nes mokinių skaičius siekė 800. Todėl 1974 m. buvo pastatytas naujas mūrinis, erdvus pastatas su šviesiomis ir erdviomis klasėmis, naujais baldais ir nauja mokomąją medžiaga. Mokykloje buvo įrengti biologijos, fizikos ir chemijos kabinetai, yra aktų ir sporto salės, valgykla ir biblioteka. Tuo metu mokymas vyko rusų-lenkų-lietuvių kalbomis. Nuo 1991 m. Paberžėje veikia dvi mokyklos: lenkų-rusų mokykla, kuriai grąžintas šv. Stanislavo Kostkos vardas, ir „Verdenės“ vidurinė mokykla, kurioje mokymas vyksta lietuvių kalba. 2010 m. Pikeliškių pagrindinė mokykla tapo mūsų mokyklos skyriumi.
Gimnazija turi 2 skyrius: nuo 2010 m. Pikeliškių pagrindinio ugdymo skyrius (dabar Pikeliškių pradinio ugdymo skyrius) ir nuo 2017 m. skyriumi tapo Visalaukės mokykla-daugiafunkcis centras.
2022-2023 m. m. gimnazijoje ir skyriuose mokosi 206 mokiniai.
Gimnazijoje dirba 32 pedagogai: 6 mokytojai metodininkai, 20 – vyresnieji mokytojai, 6 – mokytojai. Mūsų gimnazijos moksleiviai noriai lanko būrelius: sporto, literatūrinius, dailės, muzikos ir šokių.
Gimnazija bendradarbiauja su aplinkinėmis pradinėmis ir pagrindinėmis mokyklomis, Paberžės seniūnija, bažnyčia. Ilgalaikiu gimnazijos partneriu yra mokykla iš Sierakovicų, Komornikų, Sulejuvko.
Kiekvienais metais mūsų abiturientai įstoja į aukštąsias mokyklas. Mūsų moksleiviai dažnai tampa įvairių olimpiadų ir konkursų prizininkais. Moksleiviai tęsia mokyklos tradicijas, kasmet švenčiamos tokios šventės: šv. Stanislavo Kostkos vardo suteikimo diena, pirmokų krikštynos, šimtadienis, Rudens šventė, močiučių ir senelių šventė, mokytojų diena, Šeimos diena ir kt.
DIREKTORIAI
Eugenijus Martincevas, rusų kalbos mokytojas
(1964-1969 m.), (1984-1992 m.)
Antanas Akulavičius, lietuvių kalbos mokytojas
(1969-1984 m.)
Jurijus Pliavgo, fizikos mokytojas
(1992-2007 m.)
